伊朗「伊斯兰革命卫队」(Islamic Revolutionary Guard Corps，IRGC)指挥官沙拉米(Hossein Salami)12日才说已做好准备面对以色列任何攻击，到了13日早晨就在以军空袭行动遭到歼灭。华尔街日报(WSJ)分析，以色列发动这波行动目的不只在于摧毁伊朗发展核武的能力，还要确认在政治、军事层面双双造成重击，让伊朗决策阶层陷入瘫痪，类似以色列先前对付哈玛斯组织(Hamas)和真主党(Hamas)的手段。
以色列方面表示，对伊朗发动攻击的最初几个小时，几名伊朗军方领袖就已丧生，包括「伊斯兰革命卫队」资深成员与伊朗空军高层官员。以军目标在于中断伊朗军方指挥链，孤立伊朗最高领袖哈米尼(Ayatollah Ali Khamenei)，并让伊朗在接下来受到更多攻击时难以防卫。
以色列军方表示，这次行动对伊朗纳坦兹(Natanz)主要核子设施造成重创，也对伊朗空中防御设备及部分飞弹设备造成冲击。伊朗全国各地都受到空袭，包括许多伊朗精英阶级居助的德黑兰北部小型社区。伊朗官方媒体报导，至少5名伊朗核子科学家遇袭身亡。
以军13日清晨出动数百架次战机完成五波空袭，下午又恢复攻击。一名以色列资深官员说，根据拟订计划，空袭仍将持续两周，以逼迫伊朗政权愿意谈判为止，或让伊朗在连续攻击之下丧失作战能力。
以色列总理内唐亚胡(Benjamin Netanyahu)13日对人民发表影片谈话说，以色列面临生存威胁(existential threat)，已对伊朗核子设施发动攻击。他说，这场战争将会持续下去，「需要打几天，就打几天」。
内唐亚胡证实，以军攻击伊朗位于纳坦兹的浓缩铀主要设施，摧毁伊朗弹道导弹能力，消灭伊朗首席核子科学家。他说：「我们针对伊朗核浓缩计划直捣黄龙，锁定负责炸弹计划的顶尖科学家，击中伊朗弹道飞弹计划内核。