1966年3月，中共中央主席毛泽东与他的妻子江青等人谈话时说：“中宣部是阎王殿，要打倒阎王殿，解放小鬼。” 既然中宣部是“阎王殿”，时任中宣部长陆定一就成“大阎王”了。“打倒阎王殿”，首先必然要打倒陆定一。
1966年5月，中共召开政治局扩大会议，通过发动文化大革命的《五一六通知》。就在这次会议上，陆定一被打成为“彭罗陆杨反党集团”成员，撤销中宣部长职务，并被隔离审查。
1966年11月28日，北京举行文艺界文化大革命大会，中央文革小组副组长江青在会上说：“旧北京市委、旧中宣部、旧文化部互相勾结，对党、对人民犯下的滔天罪行，必须彻底揭发，彻底清算。”之后，一场批斗中宣部“阎王们”的斗争浪潮，在北京以至全国掀起来了。
陆定一被批斗
1966年11月30日晚，中宣部文革委员会召开全体会议，根据新任中宣部长陶铸的指示，讨论斗争陆定一的问题。
据《中宣部批斗“大阎王”》一文，会议现场“大家认为，陆定一是最顽固、最凶恶、最反动的大阎王，是反党反社会主义反毛泽东思想的罪魁祸首，他在全党全国犯下了滔天的罪行”，一定要“积极组织这场大斗争，斗倒、斗垮、斗臭这个反革命修正主义头子”。
接下来，中宣部连开三次批斗陆定一大会，陶铸出席了第一次批斗大会。他说，陆定一统治旧中宣部21年，一贯是阳一面，阴一面，反对毛和毛的“亲密战友”林彪，并同彭真、罗瑞卿、杨尚昆结成“反党黑帮集团”，“阴谋篡党、篡军、篡政，罪大恶极”。
陶铸要求大家把斗争陆定一的仗打到底，并警告陆定一“必须俯首认罪，彻底悔改”，否则“是死路一条”。
之后，陆定一被大会批、小会斗。他后来接受记者胡思升访问时说：“我被拉出去批斗，大规模的斗争会，至少有八九十次。北京的工人体育场、工人体育馆、首都体育馆、清华、北大、北师大、北京师范学院，都到过……小的批斗会更不计其数了。”
陆定一被逮捕遭酷刑
1966年5月至1968年5日，陆定一先是被监禁在家，不久转到看守所，一关就是两年。
据《陆定一谈文革经历》一文记录，陆后来回忆说：“1967年10月9日这天，我被捕了。连续三天，有九个人审讯我。动了刑，没有结果。就给我上手铐，刺进皮肉，很痛。接着又拷打，又上刑。
“他们根本不问我，也不问彭、罗、陆、杨的关系，硬给我加上叛徒、特务、阶级异己分子的帽子，逼我招供。我受不了酷刑，人都快要死了，就按他们要的‘招供’！
“从此，我就胡说八道。说什么假话，他们都爱听。他们爱听什么，我就说什么假话。不说怎么办？！死不了，就得说假话。党内有些人就爱听假话。口子一开，堵不住了。我就按他们要的，写了假口供。”
陆定一被关秦城监狱
1968年5月25日，陆定一被押解到秦城监狱。监室门上挂着一块牌子，上面写着“68164”。这个数字的特定含义是：68是入狱年份；1是特等犯人；64是囚犯编号。从此，陆定一的名字就叫“68164”，这一关就是11年。
审讯仍在继续。有时，专案组三更半夜突然提审他，讯问完了叫他回牢房写材料。有时材料写好了，专案组的人看也不看，当着他的面撕毁。这样的牢狱生活一年、两年、三年，周而复始地过着，没有正式审判他犯了什么罪，也没有说明判多少年。他无书可读，也看不到报纸，与外界完全隔绝。
期间，陆定一不断写申诉信，连他自己也不知道写了多少次，但所有申诉信石沉大海。有一次，专案组看到他的申诉，暴跳如雷，大骂他企图翻案，决定要给他一点颜色看。陆定一再次被带上手铐，连吃饭、睡觉、大小便都不给松铐，只有在半个月一次的洗澡时才被摘下来，洗完澡后又被带上。
1975年11月12日，中共政治局举行会议，讨论陆定一问题。会议给他定了三项罪状：一、阶级异己分子，二、反党分子，三、内奸嫌疑，并决定将他永远开除党籍，释放出狱，离京回原籍，每月发200元生活费养起来。
陆定一不肯出狱
那时，陆定一已经被关9年多了，能够出狱回家，这不是好事吗？不过，要出狱，先要对这些决定签字，这就等于承认那些罪状。陆定一不干，于是，他继续被关在秦城，一再申诉、上告，但无人理睬。
1977年底，陆定一心脏病又犯了，被押解到北京复兴医院。病稍好些，他继续申诉。1978年8月13日，他写了一封致中共政治局的申诉信，对三项13条罪状逐条反驳，要求平反，释放出狱。这封信上交后，照样石沉大海。
之后，陆定一给时任中央组织部长胡耀邦写了一封申诉信。他的儿子陆德也给中央写了一封信，请求释放老人。《人民日报》总编辑秦川顶住压力，将陆德的信在“内参”上发表，并在中共十一届三中全会前，送给在京的中央领导和中央委员。
在胡耀邦的亲自过问下，1978年12月2日，中组部的一位副部长和公安部的一位副部长到复兴医院，把陆定一接出去。从1966年5月8日被软禁在家到这时，陆定一失去自由将近13年。
陆定一在文革中为什么挨整呢？
前中共政治局常委、中纪委书记尉健行的撰稿人王友群博士分析，至少有三个原因：
第一，他得罪了毛泽东。
1949年10月1日中共建政后，陆定一是首任中宣部长。之后，还担任了中共政治局候补委员、国务院副总理、中央书记处书记。1965年，兼任文化部长，长期分管文化、教育、卫生、体育、宣传。1964年7月，毛泽东提议成立文化革命五人小组，负责领导学术批判，组长彭真，副组长陆定一。1965年11月10日，姚文元写的《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》在上海《文汇报》发表。这是毛发动文革的第一枚重磅炸弹。
当时，中共高层很多人都不知道这篇文章是毛暗中策划的，以为只是一篇普通文章。陆定一主管的中宣部没有吭声，北京的各大报纸如《人民日报》《北京日报》《解放军报》等都没有转载。这令毛非常生气。后来这些报纸虽然勉强转载了，但只局限在学术领域，没有扩大到政治领域。
1966年2月3日，文化革命五人小组由彭真主持召开会议。彭真首先说明：已经查实，《海瑞罢官》的作者、北京市副市长吴晗与彭德怀、与庐山会议没有关系，吴晗的问题是学术问题，学术批判不要过头。陆定一对此表示赞同。2月4日，会议形成《五人小组向中央的汇报提纲》（简称《二月提纲》）。2月5日，刘少奇召集在北京的中共政治局常委讨论通过该提纲。2月8日，彭真、陆定一等专程到武汉向毛汇报，毛没有反对。之后，《二月提纲》作为中央文件下发。
但是，毛泽东表面没有反对，内心却对《二月提纲》极为反感。据《五一六通知》的附件《大事记》记录，1966年3月28日至30日，他和江青等人谈话时说：1962年八届十中全会做了进行阶级斗争的决议，为什么吴晗写了那么多反动文章，中宣部都不要打招呼，而发表姚文元的文章却偏偏要跟中宣部打招呼？难道中央的决议不算数吗？中宣部是阎王店，要打倒阎王，解放小鬼。如果再包庇坏人，中宣部要解散，北京市委要解散，“五人小组”要解散。
陆定一挨整的第二个原因，是得罪了林彪。
文革爆发后，林彪成为毛泽东指定的接班人，但陆定一妻子严慰冰却长期写匿名信，揭露林彪的妻子叶群的各种丑闻，甚至痛骂林彪。
据荒坪所著的《我的外公陆定一》讲，1961年至1966年，严慰冰写了几十封匿名信，其中90%是写给叶群一家的。有一封痛骂林彪的信，她先寄到上海，请上海市长曹荻秋转林彪。直到1966年春，严慰冰写的一份材料被送给林彪，林彪觉得笔迹很熟，送公安部做笔迹鉴定，才发现上述匿名信都是严慰冰所写。严慰冰因此被定为“现行反革命”，关进秦城监狱13年。妻子干了这档子事，做丈夫的陆定一自然脱不了关系。
陆定一挨整的第三个原因，是他整过很多人。
1949年至1966年，中宣部在中共发动的历次政治运动中整人无数。比如，陆定一是清查“胡风反革命集团案”中央五人小组组长、十人小组组长。他因此成为中共建政后第一场全国性文字狱的制造者之一。
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