日本国土交通省表示，当地时间12日中午12时50分，羽田机场A跑道被发现有部分沥青路面脱落，在完成紧急修复工程前，跑道关闭约1小时。
根据国土交通省东京机场事务所表示，原因可能是落雷所致。羽田机场共有4条跑道，因改用其他跑道，航班运作并未受到重大影响。
羽田机场周边自11日下午起遭遇大雷雨，各家航空公司在12日陆续出现班机停飞或延误的情况。
日本气象厅指出，9月11日下午东京及神奈川地区降下伴随雷声的豪雨，是由于暖湿气流流向锋面、再加上高空冷气流影响所致。自11日凌晨0时起至12日清晨5时，羽田机场附近的大田区羽田累积雨量达104.0毫米。
受此影响，羽田机场的航班出现延误与停飞。光是全日空与日航两家公司，在11日与12日两天就合计取消241班航班，预估超过4万7000名旅客受到影响。其中，11日取消129班，影响逾2万7000人；部分飞往羽田的航班转降中部机场或关西机场。12日仍受天候影响，两家公司合计取消112班，预估超过2万人受波及。